Além dos efeitos cognitivos e motores mais estudados, as doenças neurodegenerativas também estão associadas a prejuízos na função autonômica — a regulação de processos fisiológicos involuntários. Esses prejuízos autonômicos se manifestam de formas diferentes e em estágios distintos, dependendo da doença específica. As redes neurais responsáveis pela regulação autonômica no cérebro e no corpo possuem características que as tornam particularmente vulneráveis à propagação, semelhante à dos príons, da agregação proteica envolvida nas doenças neurodegenerativas. Especificamente, os axônios desses neurônios — tanto nas redes periféricas quanto nas centrais — são longos e pouco mielinizados, o que os torna alvos preferenciais para a agregação proteica patológica. Além disso, as regiões corticais que integram informações sobre o estado interno do corpo são altamente conectadas com outras regiões cerebrais, o que aumenta a probabilidade de interseção com vias patológicas e a propagação tipo príon de proteínas anormais. Isso leva a uma “assinatura” autonômica de disfunção, característica de cada doença neurodegenerativa, que está ligada às redes e regiões afetadas pela agregação patológica.